היחידה להיטלי סחר מופקדת על ביצוע הוראותיו של חוק היטלי סחר ואמצעי הגנה, התשנ"א – 1991.

החוק עוסק ב-4 סוגי היטלי סחר: היטל היצף, היטל משווה, היטל ביטחה והיטל יבוא. היטל היצף הוא היטל על יבוא בהיצף הגורם נזק ממשי לענף יצרני בארץ; היטל משווה הוא היטל המוטל על יצוא לישראל המסובסד על ידי  ממשלה זרה; היטל ביטחה מוטל, בין השאר, לצורך הגנה על מאזן התשלומים של המדינה, יתרות מטבע החוץ שלה, וכן לצורך הגנה על ענף החקלאות ומחצבי המדינה או כצעד גומלין כלכלי כנגד מדינה זרה.

עוד עוסק החוק באמצעי הגנה, אשר נועדו ליתן הגנה זמנית על התעשיה המקומית במקרה של גידול מהיר ביבוא או שינוי בתנאי היבוא העלולים לגרום לה נזק חמור. הגנה זמנית זו נועדה לאפשר לתעשייה המקומית פסק זמן בו תוכל להתייעל ולהתארגן לתחרות מול היבוא.

הטלתם של היטלים אלה וכן הנקיטה באמצעי הגנה מעוגנת בהסכמים בן לאומיים במסגרת ארגון הסחר העולמי (WTO) וכפופה למגבלות ולתנאים הקבועים בהסכמים אלה. כמו כן מעוגנים ההיטלים בהסכמי סחר דו-צדדיים בין ישראל לבין מדינות שונות.

הממונה על היטלי סחר הינו מינוי סטטוטורי המופקד על ביצוע החוק. בנוסף ישנה וועדה ציבורית המייעצת לשר התמ"ת בעניין היטל היצף והיטל משווה. בנוסף, הצווים וכן אמצעי ההגנה מצריכים אישור של שר האוצר ושל ועדת הכספים של הכנסת.