בדו"ח 45 ממרץ 1995 הצביעה מבקרת המדינה על הצורך להגיע לתיאום ושיתוף פעולה בין הגורמים המפעילים מסגרות לתעסוקת אנשים עם מוגבלות.

בתכנית האב לתעסוקת אנשים עם נכויות שנוסחה בפברואר 1998 בידי וועדת היגוי לנושא זה נאמר "תאום ותכנון בין הגורמים: קיימים ארגונים וגורמים רבים העוסקים בתחום השיקומי - תעסוקתי. קיים תאום חלקי מאד בין הגורמים. על מנת לנצל באופן יעיל את השרותים השונים, המשאבים, ואת יתרון הגדל, יש להקים מינהלת שתרכז את הפעילות בנושא... יש צורך בקביעת סטנדרטים אחידים... גיבוש תכנית מקיפה להכשרת הצוותים העוסקים בתחום התעסוקה לאנשים עם נכויות... ניסוח הנחיות ותערוף הולם וכו'".

מנכ"ל משרד העו"ר אימץ את תכנית האב במלואה.

דו"ח מבקר המדינה 52 ב': "להקים מינהלה שתרכז ותתאם את פעילותם של הגופים הרבים עוסקים בתחום זה ולנצל את היתרון לגדל..."

בעקבות אלו החליטה וועדת שרים לתיאום מינהל וביקורת המדינה, במרץ 2002 "לרשום את הודעת משרד עו"ר על הקמת מינהלת לתעסוקה לאנשים עם מוגבלות".

בהמשך להחלטה הוקמה באותו חודש וועדת ההיגוי למינהלת תעסוקת אנשים עם מוגבלות בה מיוצגים נציגי הנכים, משרד עו"ר (אגף השיקום, האגף לאדם עם פיגור והאגף להכשרה מקצועית), משרד הבריאות, משרד החינוך, משרד האוצר, המוסד לביטו"ל, ג'וינט ישראל, נציבות שוויון זכויות לאנשים עם מוגבלות, המשק"ם, ארגון "בזכות" ושירות התעסוקה. שנה לאחריה הוקמה בג'וינט המינהלת.

·        להלן מטרות המינהלת כפי שהוגדרו בהסכם שנחתם בין משרד העבודה והרווחה לבין הג'וינט:
·        מיפוי המסגרות המעסיקות אנשים עם מוגבלות ומיפוי סוגי העבודות ופוטנציאל השוק.
·        מיפוי הסטנדרטים הקיימים להפעלת מפעלים מוגנים ובחינת הצורך בפיתוח סטנדרטים אשר יתייחסו למכלול ההיבטים הקשורים בתעסוקה מוגנת.
·        ניתוח אופי התחרות בשוק העבודה המוגנת ופיתוח מנגונים למניעת אי ניצול אוכלוסיית הנכים.
·        פיתוח מודלים חדשניים לתעסוקה מוגנת ונתמכת והתאמתן לתעסוקה בשוק החופשי.
·        הכשרת כו"א מקצועי במסגרות התעסוקה.
·        פיתוח תכניות בבתי הספר לחינוך מיוחד עבור התלמידים לצורך שילובם בעולם העבודה.
·        הקמת מאגר מידע ונתונים על אוכלוסיית המוגבלים בגיל העבודה.
·        מחקרי מעקב והערכה בתחומי השיקום המקצועי והתעסוקתי.
·        קידום פרויקטים יחודיים בתוך תעסוקה מוגנת.

המינהלת החלה לפעול בהתאם למטרות התכנית ועל הפרק ניסוח שאלון לצורך מיפוי, קביעת סטנדרטים ופיתוח תקן איכות. כמו כן בבדיקה פיתוח מודלים חדשניים אשר המינהלת מבקשת לקדם ולהטמיע.