הנהלת האגף - כוללת את פורום הסגנים (סגן לתכנון ארגון ותקצוב, סגן לנושאי פדגוגיה וסגן להכשרת מבוגרים), מנהלי המחלקות, ממונים מחוזיים ומנהל המכון להכשרה טכנולוגית. הנהלה זו מתרגמת את המדיניות הממשלתית ומדיניות המשרד לתוכניות עבודה אופרטיביות. מגבשת הנחיות תכנון תקצוב וביצוע לכלל יחידות האגף, מקבלת היזון חוזר דרך זרועות הפיקוח והמעקב ומוציאה הנחיות תיקון ככל שנדרש.
הנהלת אגף מורחבת - כוללת את הנהלת האגף בהשתתפות מנהלי יחידות הבחינות, תוכניות לימודים, מעקב, תכנון ותקצוב, מכרזים, תעסוקת נשים, מנהל המכון לאמצעי הוראה, סגני הממונים המחוזיים, נציגים ממה"ט ועובדים נוספים באגף. פורום מורחב זה כולל למעשה את רוב בעלי התפקידים שיש להם מגע ישיר עם גופי הביצוע של פעולות ההכשרה בכל הרמות ולכל האוכלוסיות. הוא משמש בעיקר לשלוש פונקציות מרכזיות: א. במה אשר בה תוכניות הנהלת האגף עוברות תהליך של סיעור מוחות לפני העברתן לביצוע. ב. גישור בין הנהלת האגף ובין גופי הביצוע בשדה (העברת הנחיות הביצוע לשדה והעברת היזון חוזר להנהלת האגף). ג. מעקב ובקרה על תהליך הביצוע של פעולות ההכשרה.
יחידות המטה
יחידות אלו אחראיות על ייצור והספקה של כל האמצעים והשירותים הדרושים לביצוע תוכנית העבודה השנתית, פיקוח ובקרה על התוכניות במהלך הפעלתן והערכתן בתום הביצוע. אפשר למיין יחידות אלו לשלוש קבוצות לפי סוג השירות שלהן:
· · שירותי מינהל - שירותי ארגון, תכנון ותקצוב. שירותים אלו ניתנים בעיקר על ידי המחלקה לתכנון ארגון ותקצוב לכל פעולות האגף ולכל מחלקותיו.
· · שירותים טכניים - שירותי רכש ותחזוקה. הדגש כאן הוא על הצטיידות, מכונות ומבנים.
· · שירותים פדגוגיים - תוכניות לימודים, אמצעי הוראה, בחינות, פיקוח, הערכת פעולות והשתלמויות.
יחידות ייעודיות
בקבוצה זו נכללים המכון להכשרה טכנולוגית, המחלקה להסבת אקדמאים, ובצורה מוגבלת המחלקה לחניכות ונוער. המשותף ליחידות אלו הוא שפעולותיהן מכוונות לאוכלוסייה שמוגדרת במתחם מוגבל של גיל (נוער) או השכלה והן פועלות ישירות למול גופי הביצוע בשדה (רשתות חינוך, בתי ספר ומכללות).
יחידות הביצוע בשדה
בקבוצה זו נכללים כל הגופים שהם המבצעים הישירים של פעולות ההכשרה המקצועית למול כל אוכלוסיית הלומדים לכל רמותיה. למשל - מרכזי ההכשרה, בתי הספר לנוער, מרכזי הכשרה בביצוע גורמי חוץ (רשתות חינוך, אוניברסיטאות, מפעלים) ומכללות שונות.